税务上公司检查的内容主要包括以下几个方面：
检查企业是否存在虚报、漏报、少报、逃税、偷税等税务违规行为。
核实企业是否存在虚构业务、伪造合同等虚假交易行为，以骗取税收优惠或逃避纳税义务。
检查企业是否存在隐瞒收入、虚报成本、违规扣除等导致少交税的情况，并要求企业补缴税款和滞纳金，可能还会进行罚款。
对企业资金流入和流出的情况进行检查，以发现是否存在违规转移资金、隐瞒收入等问题。
税务机关会询问会计人员和相关业务部门的人员，了解与税款缴纳相关的问题和事项。
查询公司的银行账户，了解账户数量和资金流水情况；检查公司库存商品、货物等资产的实际状况。
检查公司的财务凭证、账簿、报表和其他相关的财务资料，核实会计凭证是否真实核算收入、成本、费用，是否有真实的合同、发票等原始凭证。
检查所有收入是否全部入账，特别是往来款项是否确认为收入而未入账；核查销售收入是否如实申报和缴税。
检查成本结转与收入是否匹配，是否存在多结转的情况；核实存货数量是否与账上相符，商品是否具有真实价值。
检查计提项目是否符合规定，是否存在多提情况；列支渠道是否正确；按实扣除项目是否计算正确。
核查主税种和其他小税种是否按规定缴纳，如房产税、车船使用税、印花税、土地使用税等。
查询合同内容，查看是否存在异常交易情况；核实销售方开具的发票是否符合企业经营范围内业务，是否与合同业务一致。
以结算方式为出发点，查询银行卡及现金的流向，确保资金流的真实性和合规性。
查询上下游的账簿，核实针对同一笔交易入账的经济业务内容是否一致。
对特定企业或交易进行重点稽查和抽查，以发现潜在的税务问题。
实地检查企业的应纳税商品、货物或其他财产，核实库存与账务是否相符，审查企业银行账户交易情况。
通过内部系统推送和数据分析，发现异常交易和税务违规行为。
根据举报线索或上下游企业的连带问题，进行查处。
企业应提前了解税务机关的检查方式和有权检查的内容，做好自查和准备工作，并配合税务机关的检查工作。