在办理房屋抵押贷款后， 房产证仍会放在房主的手中，并不需要放在银行。房屋抵押贷款中的“抵押”一词，是指借款人需要办理房屋抵押权登记手续，而不是将房产证交给银行。办理抵押登记时，需要携带身份证、与银行签订的借款合同、房屋所有权等材料，并填写抵押登记申请表到房屋所在区县的房产局进行办理。如果房产属借款人与配偶共有的财产，则需要有共有人的书面同意书或本人到场一同办理房屋抵押权登记手续。
在办理完毕抵押登记后，房产部门会出具一个他项权证，这个证件是证明银行抵押权的，会留给银行，而房产证原件则会交还给购房者自己保管。有些银行可能会根据客户的信用情况和风险度，决定是否扣留房产证。特别针对“二套房”，某些银行可能会因为考虑到风险而扣留房产证。
因此，在房屋抵押贷款过程中，房产证原件通常由房主保管，而银行会持有他项权证作为抵押权的证明。在还清贷款后，银行会把他项权证交给房主，房主需要到房地产交易中心注销房产证上的抵押记录。