商标注册的部门为国务院工商行政管理部门商标局，根据《中华人民共和国商标法》第三条的规定，商标的注册、管理及争议解决事宜都由商标局主管。
具体办理商标注册事宜的途径有两种：
申请人可以直接到商标局的商标注册大厅办理商标注册事宜，提交必要的文件，如身份证复印件、商标注册申请书、商标图样等。
申请人可以委托国家认可的商标代理机构代理商标注册事宜，这种方式可以节省时间和精力，代理机构会提供专业的服务。
对于商标侵权行为的处理，受害人可以向当地工商行政管理部门报案，如果情节严重构成犯罪的，也可以向公安机关报案。同时，当事人可以通过人民法院起诉来维护自己的合法权益。
综上所述，无论是进行商标注册还是处理商标侵权事宜，都可以通过商标局或当地工商行政管理部门进行。选择哪种方式，可以根据申请人的具体情况和需求来决定。