在厦门市办理健康证，分为法定需办理人员和自愿申请办理人员两种情况，具体流程如下：
法定需办理人员
营业执照和相关许可证、备案证明复印件（加盖公章或法人签字盖手印）。
用工证明或拟录用证明（如劳动合同、工作证、就业协议等）（加盖公章或法人签字盖手印）。
个人身份证件。
通过拨打96166、医院预约电话、公众号“美丽厦门智慧健康”、医院公众号或到现场进行预约。
从业人员仅能在用工单位所在区的定点医疗机构进行体检，不支持跨区体检。
携带材料按预约时间前往医疗机构进行体检。
医疗机构审核材料，符合条件的进行登记体检，材料不齐的需补充材料重新预约，材料无法证明为法定需办理的人员的，定点医院不予体检。
体检完成5个工作日后，办证人员可在电脑或手机上查询电子健康证信息，如无法查询，请联系办证医疗机构。
自愿申请办理人员
通过拨打96166、医院预约电话、公众号“美丽厦门智慧健康”、医院公众号或到现场进行预约，部分医疗机构也可不预约直接前往。
按预约时间前往医疗机构缴费进行体检，具体收费标准由医院按物价局规定自行决定。
体检完成5个工作日后，办证人员可在电脑或手机上查询电子健康证信息，如无法查询，请联系办证医疗机构。
其他注意事项
办理健康证前先进行健康查体，带身份证和个人免冠一寸彩色照片2张，领取体检表并到收费处缴纳体检费，粘贴照片（另一张领健康证用），填写好姓名、性别等基本情况。
检验室采血、大便肛拭化验、内科、外科常规体检、X光胸透等。
体检结果符合发放健康证条件的，查体结果不符合发放健康证条件的，不予办理健康证。经卫生监督机构组织的卫生法律法规知识培训合格后，将本人正面免冠彩色照片到所管辖的卫生局卫生监督所办理健康证明。
建议提前预约医疗机构，并详细询问所需材料和流程，以确保顺利办理健康证。