香港特别行政区政府的主要部门包括：
负责领导香港特别行政区政府的经济和金融事务，并就财政政策、财政管理和财政预算向行政长官提供意见。
主管律政司，专门负责香港政府的法律事务，包括提出所有刑事检控，并负有对香港所有罪案进行检控的最终责任、草拟政府提出的所有法律草案，以及为香港政府提供法律意见等。
此外，香港特别行政区政府还设有多个决策局和部门，具体如下：
政务司
政务司司长办公室
效率促进组
政策及项目统筹处
财政司司长办公室
香港金融管理局
财经事务及库务局
政府统计处
律政司司长办公室
法律援助署
刑事检控专员公署
负责香港教育的政策。
负责维持香港治安、出入境事务、海关管制、罪犯更生，以及提供消防及救护服务。
负责渔农自然护理署、卫生署、食物环境卫生署、政府化验所等。
负责民政事务总署、政府新闻处、法律援助署、康乐及文化事务署等。
负责劳工处、社会福利署等。
负责民航处、路政署、房屋署、海事处、运输署等。
负责工商及旅游、通讯及创意产业、投资推广、邮政署、香港电台等。
负责创新科技署、政府资讯科技总监办公室等。
负责建筑署、屋宇署、土木工程拓展署、渠务署、机电工程署、地政总署、土地注册处、规划署、水务署等。
独立的反贪机构，负责处理一切反贪工作。
负责政府审计工作。
负责策略发展工作。
支持行政长官的工作。
这些部门和机构共同构成了香港特别行政区政府的行政架构，负责执行基本法和香港特别行政区政府的各项政策。