当企业的进项税额大于销项税额时，可以采取以下几种方法来处理并缴纳增值税：
在本期报税时，将进项额按照销项额的数额进行申报，即进行零申报。然后将多余的进项额结转到下期，以便在下期申报税时使用。
如果进项税额大于销项税额，可以将差额部分结转到下一期抵扣销项税额。具体操作步骤包括计算应交增值税（销项税额 - 进项税额 - 以前留抵进项税额），然后结转未交增值税（借：应交税金-应交增值税-转出未交增值税，贷：应交税金-应交增值税-未交税金）。
对于进项税额大于销项税额的情况，企业可以向主管税务机关申请退税。这种情况下，企业需要按照规定提交相关证明材料，并经过税务机关审核后才能获得退税。
如果企业实际缴纳的增值税少于应缴的增值税，可以通过减少认证发票的金额来达到缴税的目的。具体操作是少认证一些发票，使得实际认证的金额小于开出去的销项票的金额，从而减少应纳税额。
根据相关税法规定，进项税额大于销项税额的部分可以作为留抵税额，留待下一期抵扣。这意味着企业可以在下一期申报税时，将留抵税额抵扣销项税额，从而减少当期应缴纳的增值税。
建议
合理规划：企业应合理规划进项税额和销项税额，确保在申报税时能够准确计算和结转，避免因处理不当而产生税务风险。
及时认证：及时对进项发票进行认证，确保能够充分利用留抵税额进行抵扣。
关注政策：关注相关税收政策的变化，以便及时调整税务处理方式。
通过以上方法，企业可以有效地处理进项税额大于销项税额的情况，确保合法合规地缴纳增值税。