厦门新生儿社保卡的办理流程如下：
网上办理流程
进入闽政通APP主页面，点击【办事】。
新生儿母亲注册福建省网上办事大厅个人账号，登录网上办事大厅，选择“出生一件事”事项，填报《福建省“出生一件事”集成套餐服务申请登记表》提出申请。
点击自动生成申报名称，根据系统指引，填写申报对象信息、经办人信息等申报信息（加“*”部分为必填内容）。
选择出生医学证明办理结果领取方式（邮寄/自取），填写以后点击“补充信息”继续填写。
在“补充信息”部分，可同步申领新生儿社保卡。根据申请人的选择，社会保障卡由申请人自取，或邮寄给申请人（邮递费用自理）。自行领取时需要携带社会保障卡本人（即新生儿）户口簿及代领人有效身份证件。
点击“申报材料”栏目，按照提示上传相关材料，上传过程中可能需要新生儿母亲进行人脸识别验证。
需要上传父母双方的居民身份证照、新生儿父母一方的结婚证照（此步骤需点击“生成申报材料”）、新生儿拟落户方居民户口簿等，完成上传以后，点击“提交审批”。
线下办理流程
携带身份证、户口本、出生证明到户籍所在地给新生儿办理落户（有的地方需要写申请书）。
携带出生证、户口本到街道办或社保经办机构进行登记（注意，不登记即使办了社保卡也不能缴费）。
带上出生证明、身份证件、户口簿等资料，去当地的社保经办机构申请办理社保卡手续，并按照要求提交各种资料。
工作人员在收到所有的资料后，会对资料进行各项审核，并及时将审核的结果反馈给到申请人。
对于符合要求的，工作人员会及时按照相应的流程来制作社保卡。
在卡片制作完成之后，他们会以短信或者电话的方式，告知申请人在法定的时间内领取。
其他注意事项
父母可在手机上缴纳宝贝医保。新生儿预参保登记并缴交医保费用后，可以通过支付宝或微信等渠道开通和领取“儿童医保码”，在出院结算时直接扫码结算医疗费用。
新增办理社保卡免费，办理时限为16个工作日内完成。
领卡人凭本人身份证及《社会保障卡领取通知单》到原社保中心经办窗口领卡。
建议选择网上办理流程，因为这种方式更加便捷且可以实时跟踪办理进度。如果选择线下办理，需要确保所有材料齐全且符合要求，以减少不必要的麻烦。