工程预付款的结算方式通常有以下几种：
对于当年开工但当年不能竣工的项目，可以按照工程的进度划分不同阶段进行结算。
适用于规模较小的项目，在工程完工后一次性进行结算。
即每个月结算一次预付款。
双方可以约定其他的结算方式。
结算流程一般如下：
施工单位提交预付款《工程款支付申请表》给预算专员，并由施工单位项目经理签字确认。
预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，并签署《工程款支付申请表》后交给财务部。
财务部进行复核，然后交给总经理和董事长审批。
审批通过后，出纳根据《工程款支付申请表》安排付款。
法律依据为《建设工程价款结算暂行办法》第十四条，规定了工程完工后应按照合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项进行工程竣工结算。
请注意，以上流程和规定可能因具体合同内容和当地法律法规而有所不同。在实际操作中，应以合同条款和当地法律为准