多休工资的扣除方式主要依据《劳动法》以及公司的具体规定。以下是几种常见的情况和相应的扣款方式：
如果员工无故多休，则应按照实际缺勤天数扣除工资。
如果员工的多休符合公司规定或经过双方协商，可以不扣或少扣工资。
如果员工超休是以请假形式体现，但公司未批准，则视为旷工，需要扣除当天工资的3倍，并且额外加扣2倍工资。
事假和病假期间，员工应扣除相应的工资。具体扣款方式可能因公司而异，但通常按照员工日工资的一定比例进行扣减。
如果员工已经享受了带薪年休假，并且超出应休年休假天数，则无需再折算成工资支付。在离职时，员工应按照已工作的天数和约定的薪酬标准获得应得的报酬。
超出休假时间不上班的，属于旷工，公司可以扣旷工期间的工资。根据《企业职工带薪年休假实施办法》，未休年休假工资报酬的日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。
综上所述，多休工资的扣除方式主要取决于员工多休的原因、是否符合公司规定或双方协商的情况。建议公司在处理此类问题时，应确保符合《劳动法》及相关法律法规的规定，并与员工进行充分沟通，以保障双方的权益。